Panel VAR modelinde eğim parametrelerinin birimlere göre farklılaşmasına izin verildiğinde heterojen Panel VAR modelleri söz konusudur. Bu modeller Ortalama Grup (MG; Pesaran ve Smith, 1995) veya Tesadüfi Katsayılar (RC; Swamy, 1970) yaklaşımlarıyla tahmin edilebilmektedir.

Heterojen dinamik yapı, birimlere özgü etki-tepki fonksiyonlarının elde edilmesini gerektirdiğinden modelin uygulanması ve panel geneli için sonuçların yorumlanması daha karmaşıktır. Bu nedenle eğim heterojenliği mevcutsa VAR analizinin birimler bazında gerçekleştirilmesi ve yorumlanması önerilmektedir (Yerdelen Tatoğlu, 2026, s. 156).